Hauptdestinatäre sind Institutionen der medizinischen Forschung und Institutionen im Grenzbereich zwischen medizinischer Forschung und sozialer Tätigkeit. Bedeutende Destinatäre der vergangenen Jahre sind:

- CHUV - Centre hospitalier universitaire vaudois, Lausanne
- ETH Zürich - Eidgenössische Technische Hochschule Zürich
- HUG - Hôpitaux universitaires de Genève
- Inselspital Bern
- UKBB - Universitäts-Kinderspital beider Basel
- Universitäts-Kinderspital Zürich
- Universitätsspital Basel
- UniversitätsSpital Zürich
- Université de Genève
- FRAGILE Suisse, Zürich
- Rock Your Life! Schweiz GmbH, Bern
- Schweizerisches Tropen- und Public-Health-Institut, Basel
- Stiftung I care for you, Bern
- Stiftung MERCATO Aarberg
- Theodor Koch Institut, Bern

Des Weiteren wurden in Zusammenarbeit mit der Schweizerischen Akademie der Medizinischen Wissenschaften (SAMW) mehrjährige Grossprojekte realisiert. Unter anderem im Bereich:

- Advanced Physician Scientists Grants
- Nachwuchs in klinischer Forschung
- Palliativ Care
- Versorgungsforschung

Daneben wird eine grosse Anzahl von kleineren lokalen Projekten mit Beiträgen unterstützt. Die Bangerter-Stiftung gewährt auch immer wieder an Nachwuchs-Forscher Beiträge und Stipendien.

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